新一代元基因组测序助力病毒性呼吸道感染

病毒是呼吸道感染的主要原因。新一代元基因组测序（mNGS）能够无偏地检测所有潜在病原体。为了将mNGS应用于病毒诊断，需要同时灵敏地检测RNA和DNA病毒。最近，有研究探索了内部mNGS方案对病毒性呼吸道感染进行常规诊断的潜力，并具有自动泛病原体检测的潜力。该研究设计和优化了测序方案和生物信息学分析，包括外源性内控。随后，使用25个临床呼吸样本对该方案进行回顾性验证。采用IlluminaNextSeq测序开发的方案显示出高重复性。使用国家生物技术信息中心的RefSeq数据库而不是国家生物技术信息中心的核苷酸数据库可以提高病毒病原体分类的特异性。在读取计数和PCR循环阈值之间建立了相关性。与PCR相比，mNGS的灵敏度变化高达83％，特异性为94％，具体取决于定义阳性mNGS结果的临界值。仅由mNGS检测到的病毒病原体是丙型流感、KI多瘤病毒、巨细胞病毒和肠病毒，而在常规诊断工作流程中不存在。当考虑到非PCR靶病毒病原体时，该mNGS方案的灵敏度和分析特异性与PCR相当，且更高。总之，该研究实现一项测试就可检测所有潜在的病毒病原体，同时获得所检测病毒的详细信息。

原文题目：RetrospectiveValidationofaMetagenomicSequencingProtocolforCombinedDetectionofRNAandDNAVirusesUsingRespiratorySamplesfromPediatricPatients如需原文出处及链接，请咨询后台扫码